最后，还是桥本首相亲自拍板定下了所谓救出侨民、大量难民对策、沿岸警备及恐怖行为对策、对美支援的“危机管理四点指示”。日本政府的情报来源是以内阁情报调查室、驻外使馆、外务省和防卫厅为主的。日本自卫队和其它机构的情报早知道美国可能出动“尼米兹”号航母，但美军真的向太平洋调动“尼米兹”号时，日本人并不知情，日本政府万分震惊。
长期以来，美国和日本一直强调“美日同盟”关系的重要性，日本说美国是日本“不可替代的同盟国”，美国说美日关系是“重要的”和“牢固的”。然而美日真是亲密无间吗？1996年台海危机期间，美日之间一些不为人知的内幕，让我们清楚地看到“美日同盟”的真相。
日本前首相桥本龙太郎
2007年10月30日，台湾《中国时报》刊登了一篇特别报道，首度披露了1996年中国人民解放军在台湾海峡举行三军大演习时，日本政府采取的应对措施，和美国把所谓“盟友”晾到一边的内幕。当时的日本首相桥本龙太郎和许多日本政要，在解放军台海演习结束后得出结论：美国这个盟友在关键时刻是靠不住的；日本不应该也决不会扮演批评中国的凸显角色！
解放军台海大演习前夕，桥本首相彻夜未眠1996年，中国人民解放军开始台湾海峡三军大演习前几天，日本首相桥本龙太郎好几天都是彻夜未眠，他的脸整日绷得紧紧的没有一丝笑容。一名高级官员后来回忆说：“我从来没有看到桥本首相如此紧张疲倦过。”
桥本首相需要绞尽脑汁考虑的问题实在是太多了。第一件让桥本睡不着觉的问题是：台海发生武力冲突的可能性，具体包括——“如果台海开战，日本应该采取什么样的行动？”“战争开始后，日美安保条约如何启动？”“日本应该给美军提供什么样的设施和其它方便？”等等。桥本首相立即召集内阁安全保障室、外务省、防卫厅的高级官员开会，他说：“台海大概不会发生武力冲突吧？但是或许有万一，所以当务之急是尽最大可能来确认冲突的可能性有多大。”
另一件让桥本夜不能寐的事情是：一旦发生紧急情况，如何撤出在台湾的日本侨民。桥本连珠炮似地向安全保障室的高级官员发问：“台湾有几处机场？政府专机能降落的跑道有几条？地点在哪里？如果从那里快速往返运送人员的话，能运多少人？如果为撤侨而派船的话，台湾东海岸有几个港口能停靠？可以泊多大的船？”桥本的话让安全保障室的人手忙脚乱。
时任安全保障室室长的三井康有回忆说，安全保障室在此之前曾与外务省、防卫厅和运输省合作，制订出了一份书面计划。该计划称，当时在台湾的日侨、定居者和游客各约1万人，为此，日本政府的飞机可以利用离台湾最近的冲绳那霸机场迅速撤侨，政府可以限制日本公民前往台湾旅行，让日本侨民尽快返回国内；如果不得已动用船舶撤运日本侨民，为安全起见，船只将不在离中国大陆更近的台湾西侧港口靠岸。该计划还设想了台湾出现难民以及难民中混有武装游击队的情况。
然而，安全保障室自觉满意的计划让桥本首相大感不满，他责备说：“如果日本现在开始管制公民到台湾旅游，那么这向中国传递了什么样的信号？台湾民众又会有何种感受？”最后，还是桥本首相亲自拍板定下了所谓救出侨民、大量难民对策、沿岸警备及恐怖行为对策、对美支援的“危机管理四点指示”。
日本四大情报来源对台海局势说法不一，桥本首相告诫政府高级官员们说：“我最担心发生意外。如果解放军演习按计划进行的话，当然不会出现危机，但如果发生意外，比如说解放军的导弹发生了偏差呢？”
日本究竟要不要撤侨？解放军会不会真的封锁台湾海峡？此时一切都有赖于日本政府对局势的判断，而准确的判断基于准确的情报。日本政府的情报来源是以内阁情报调查室、驻外使馆、外务省和防卫厅为主的。然而，这四个情报来源让桥本失望了，因为他们提供的关键性情报要么支离破碎，要么天差地别。
苏-27战斗机编队
内阁情报调查室提供的台海局势情报耸人听闻：“弄不好可能会有武力冲突，因为解放军已经动用了苏-27战斗机，而苏-27是专门用来对抗美国售台的F-16战斗机的。”更耸人听闻的是，内阁情报调查室还报告说：中国有登陆作战的打算！登陆地点可能是在金门、马祖周边的小岛，作战方式是以小规模兵力登陆作战；但由于解放军能动员的登陆舰数量有限，所以应该不会在台湾本岛登陆。同时，内阁情报调查室还预测美国在派来“独立”号航母之后，还会派“尼米兹”号航母到太平洋。这一情报事后被证实，桥本对这条情报的评价很高，他说：“情报最准确的是大森。”这个“大森”就是内阁情报调查室室长大森义夫。
防卫厅提供的情报就更邪乎了。防卫厅2月份在桥本去参加美日首脑峰会之前，就向首相简报了台海危机可能发生的情况：中国将在台湾“总统大选”前举行预定的大演习；演习包括登陆训练的可能性很大；估计会发射导弹；可能会动用新型导弹。
另一份情报甚至宣称：解放军或许会登陆金门、马祖附近小岛中的一个！为此，防卫厅长官3月11日被紧急召到首相官邸，他分成“中国的动向”、“美国的动向”和“日本的对应”三个部分准备了一页的摘记，主要内容有三个方面：中国看情形可能登陆台湾周边的一个小岛；美国会增派“尼米兹”号航母；只要美国派“尼米兹”来，日本就没有出动的必要。时任统合幕僚会议自卫队指挥的某高级官员说：“如果当时接到命令，我们已准备好调动部队，但后来没有接到指示，所以部队也就没有调动，只是动用了那霸与宫古之间的雷达基地来执行一般性的任务。”
日本外务省掌握的情报，相对来说冷静了许多，他们认为“台海不会发生冲突”，日本政府“应该冷静对待”。时任外务省高官的一名知情者后来透露说：“内阁情报调查室和防卫厅递交的耸人听闻的情报，并不奇怪，这就像天气预报一样，说会下雨结果天晴，并不会受到责难，但如果说天晴结果却是下雨，则会遭耻笑。所以他们就拼命说会下雨！”
正因为情报自相矛盾、支离破碎，桥本首相大为不满，于是转而向盟友美国求助。然而，让桥本生气的是，在台海危机的初期，美国人好像把日本政府给忘了，根本没有提供任何情报。桥本首相大为光火：“美国那样称赞与日本的同盟关系，但在紧要关头却不送情报过来，这还是盟友吗？！”白宫一位高级官员后来辩解说：“那时我们都忙坏了，所以很难腾出时间向日本通报情报。”由于日本人再三请求，美国人后来给了日本政府一些简报，日本人还想从美国人那里购买侦察卫星情报，但此时已经来不及了。
美国海军“尼米兹”号航母战斗群
美国出动“尼米兹”号航母，又“忘了”通知日本，尽管有情报表明美国人会因台海局势出动航母，并且还坚信美国人出动航母前一定会通知美国在亚洲的最大盟友日本政府。但事实上，美国人又耍了盟友一回。
日本自卫队和其它机构的情报早知道美国可能出动“尼米兹”号航母，但美军真的向太平洋调动“尼米兹”号时，日本人并不知情，日本政府万分震惊。事情发生后，就连美国驻日本的外交官们也自觉脸上无光，美国驻日本公使拉斯特说：“作为一种礼节，美国政府应该及时向日本通报一下。”美国驻日大使蒙戴尔则抱怨道：“在华盛顿官僚群中，不知是谁把日本给忘了。”蒙戴尔此前曾向日本人担保：“美国在台海危机之际不论采取何种行动，都会让日本政府知道的，会与日本共享情报，这对维持美日安保非常重要！”
美国赖在基地不想走，日本人吞了“苍蝇”让日本政府意外且尴尬的是，美军居然想以台海危机为借口，赖在原来答应归还的冲绳“普天间基地”不走，使日本人如同吞了一只苍蝇。以至于桥本首相最后悟出一个道理：谨慎为上！
美军驻冲绳空军基地
中国人民解放军的台湾海峡大演习，除了让美国海军很忙之外，驻日本的美军也忙碌了起来。3月15日，驻冲绳的美国海军陆战队第31陆战远征部队2000余人接到24小时战备待命的命令；驻冲绳加手纳的哈利亚航空队、驻汉森兵营的炮兵和驻普天间的直升机部队均在待命状态；普天间基地的24架直升机更是忙着装备、检查燃料；3月17日，从佐世堡驶出了为美国“独立”号航母运送补给的船，上面装载了可供5200人食用的粮食、每天7800瓶的洁净饮料和28000个汉堡包。虽说驻冲绳的美国海军陆战队最后并没有出动，但却让美国人再度意识到冲绳基地的重要性。
于是，美国国防部一些高官有意无意地告诉日本人说，应该以台海局势为契机加强美日协商。言下之意让日本人大为震惊：美国人想以此为借口暂缓归还普天间基地！对此，日本政府针锋相对地说，台海危机与普天间基地的归还、与冲绳基地的角色、与美日防卫合作指针以及美日安保体制，还是分开来说为好。
可能正因为如此，桥本首相随后对解放军台海大演习的态度发生了根本性的变化。当解放军的导弹演习开始之后，日本激进势力曾要求桥本派出护卫舰，但桥本否决了这一要求，表示“动用海上自卫队太招摇了”，结果只派了海上保安厅的巡逻艇。此时，虽有部分亚太国家支持美国派航母的政策，日本国内极端势力也强烈要求桥本表达强硬态度，但桥本首相明确表示：以高八度的声音来批评中国并非上策，我不想凸显日本批评中国的角色。
