应根据刑法13条的规定，不以犯罪论处，而作为一般违法行为处理。尽管该款未明确说明“依照前款的规定定罪量刑”，但是，上市公司的控股股东或者实际控制人，指使上市公司高管实施背信行为的，实际上是本罪的教唆犯。由于我国刑法没有独立的教唆罪，而应根据所教唆的具体犯罪内容定性，所以直接以本罪论处，而不需要另订罪名。
(一)背信损害上市公司利益罪的罪与非罪的界限
正确认定背信损害上市公司利益罪，必须划清其与一般违法行为的界限，在认定中，应该注意以下三点：
第一、由于经济活动中存在一定风险的客观使然，若行为主体所实施的行为是在法规、章程规定的范围之内，且行为人既没有滥用权利，也没有违背忠实义务，造成了一定的财产损失，就不能构成本罪。若上市公司为谋求高利润授权由行为人处理相关事务，而自愿甘冒高风险，则行为人为其处理风险事务，即使已超出一般依法之事务处理范围，亦因本人同意，而可阻却违法。
第二、本罪属于结果犯，即只有行为主体实施背信行为致使公司财产遭受重大损失，实施其他行为及时补救，并没有使全体财产减少，都不成立本罪。
第三、如果根据案件事实，确属情节显著轻微危害不大的，没有对上市公司造成重大财产损失的。应根据刑法13条的规定，不以犯罪论处，而作为一般违法行为处理。
(二)上市公司的控股股东或者实际控制人，指使上市公司高管实施背信行为该如何定罪处罚的问题
《刑法修正案(六)》第9条第二款规定：“上市公司的控股股东或者实际控制人，指使上市公司董事、监事、高级管理人员实施前款行为的，依照前款的规定处罚。”尽管该款未明确说明“依照前款的规定定罪量刑”，但是，上市公司的控股股东或者实际控制人，指使上市公司高管实施背信行为的，实际上是本罪的教唆犯。由于我国刑法没有独立的教唆罪，而应根据所教唆的具体犯罪内容定性，所以直接以本罪论处，而不需要另订罪名。
