国内的荣昌猪肠道中定植的微生物明显比国外瘦肉型猪长白、杜洛克都高，拟杆菌门、厚壁菌门是荣昌猪的优势菌群，所以荣昌猪的体型多是肥胖型。能量因素碳水化合物、蛋白质和脂肪这三大类物质是猪只肠黏膜的主要供能物质。蛋白质是肠道微生物的发酵底物，当肠道内蛋白质降低时，猪体内的厚壁菌门、魏斯氏菌属比例开始下降,有害菌蓝藻细菌则比例上升，同时降低导致发酵底物氮源，肠道内细菌种属增加。
在生猪饲养过程中，猪的机体器官对生长发育、健康长大至关重要，在这众多的器官中，肠道不但作用了猪的消化能力，还作用于免疫能力，肠道健康可以对营养物质进行正常的消化和吸收，也决定了猪只70%-80%的免疫力，所以当猪的肠道健康出现了问题，则影响较大，例如母猪便秘可导致生病率增加，采食量下降，难产等，仔猪腹泻可导致成为僵猪，甚至死亡;而在猪的肠道中存在多种病原性微生物，有大肠杆菌、沙氏门菌、魏氏梭菌等等，当这些病原体一旦受外界因素失去平衡时，就会引发肠道疾病，那么在猪场，都有哪些因素可导致肠道健康呢?
遗传因素
猪从出生后，肠道内受母猪和环境的影响微生物迅速定植，尤其是大肠杆菌菌群在微生物区处于优势地位，在相同饲养环境和营养条件下，肠道内存在微生物群也不同，猪的肠道微生物群落差异与猪品种不同密切相关。
国内的荣昌猪肠道中定植的微生物明显比国外瘦肉型猪长白、杜洛克都高，拟杆菌门、厚壁菌门是荣昌猪的优势菌群，所以荣昌猪的体型多是肥胖型。国外的瘦肉型猪约克夏、长白、杜洛克、皮特兰等之间也有一定的相似性，不过国外猪种肠道内微生物的丰富度明显低于国内猪，螺旋体门和变形菌门是约克夏的优势菌群，长白和杜洛克在刚出生时肠道内大肠杆菌、乳酸杆菌、芽孢杆菌、梭状杆菌无明显差异。
哺乳时期仔猪的肠道微生物受母猪影响较大，不同的品种仔猪，肠道优势菌也有很大的差异;在日后，随着日龄的增长，环境以及饲粮的不同，肠道的微生物群会发生变化，肠道内定植微生物越多的品种，则在以后会提升免疫系统，对消化、代谢、合成维生素等将发挥重要的作用。 能量因素
碳水化合物、蛋白质和脂肪这三大类物质是猪只肠黏膜的主要供能物质。
碳水化合物可直接影响肠道内的消化环境，碳水化合物在消化道内被微生物发酵后，产生脂肪酸，从而降低肠道pH值，能够促进有益菌的增殖，当碳水化合物比值降低时，将会提高仔猪盲肠、结肠pH值，降低肠道内VFA容量，使得乳酸杆菌、双歧杆菌数量下降，碳水化合物对肠道微生物菌群及代谢具有较大影响。
蛋白质是肠道微生物的发酵底物，当肠道内蛋白质降低时，猪体内的厚壁菌门、魏斯氏菌属比例开始下降,有害菌蓝藻细菌则比例上升，同时降低导致发酵底物氮源，肠道内细菌种属增加。
脂肪是由甘油和脂肪酸组成，主要参与所有细胞的代谢功能，同时影响肠道微生物的数量及组成，能有效的减少猪只因采食和消化所产生的热量，从而减少热应激，还能产生卵磷脂、二十五碳五烯酸等能够提高仔猪免疫力、改善肠道健康的物质，在饲粮中加入植物油可以有效降低肠道中大肠杆菌的数量，脂肪酸还可以增加肠道对维生素的吸收和利用。
环境因素
猪场饲养环境对猪肠道健康的影响主要表现在两个方面，一是猪只摄入性因素，二是外界环境因素;摄入性因素包含了猪舍中的土壤与水源被各种重金属如铝、氟、钼及砷等污染后，使植物与土壤中的重金属含量超标，当猪只进食或拱土后，经饮水或饲食进入消化道而引发猪只中毒;另外空气中的有害气体如二氧化硫、氢化物、氮氧化物等超标严重，猪只吸入这些有害气体后对呼吸道造成严重危害，同样也会损伤猪肠道的健康。
外界环境因素包含了气温突变，忽冷忽热相互交替刺激，阴雨、潮湿，通风不良等等，这些因素均可造成猪只出现应激，从而改变肠道的消化机能，并诱发各种疾病的发生。 调控手段尚不成熟 通过改善饲料来调控猪只肠道健康是很有成效的一种方式，从选择原料的新鲜度到贮藏、加工等许多环节中都有被污染的可能，因此要做好筛选工作，饲料的加工工艺同样影响肠道的吸收和消化，饲料的熟化程度，形状颗粒状、粉状、固态、液态等都有不同的影响，在教槽时可选择液态类，在开食阶段选择固态类，在断奶阶段选择颗粒料，根据日龄来进行选择。
另外也要选择适合的饲料，选用低抗原的豆类原料，在仔猪阶段常常会由细菌引起仔猪腹泻，多个饲料厂家在饲料中添加抗生素来抵抗细菌的产生，但是大量使用抗生素会使猪产生耐药性，而且，农业部也发文规定从今年起饲料中不准再添加抗生素，真正意义上进入无抗时代，因此采取别的方式，将是养殖业要面临的问题。
肠道微生物除了辅助消化、肠道驱动以及早期形成肠道黏膜免疫系统外，还对早期共生菌的定植有直接的影响，猪场的管理、饲喂的日粮等都对肠道产生重要的影响，因此，维护猪只的肠道健康要对机体、环境和营养三方面进行调节。
