而隐含在其后的，是国家疫病防治机制的衰退。这两个因素使得中央政府很难对地方进行有效的治理。至正十八年的疫灾，官府于大都一地掩埋的流民尸体总数已经超过了二十万，而被感染的登记在籍的人口尚且不在其中。其中第一类疾病的表征与天花十分相似。1347年之时，疫情在中亚地区爆发，随后向欧洲扩展。对于总体死亡率的估计从5%到60%不等。中央政府的疫病防治机制在明代中后期以后逐渐衰弱，为疫灾的流行埋下隐患。
编者按：在13世纪末至14世纪初，意大利旅行家马可·波罗曾经游历到东方的中国地区，越来越多的西方商人开始沿着海路、陆路与东方的中国及印度展开贸易。不幸的是，一场重大的灾难随着贸易的持续而从东方波及到了西方，它被欧洲描述为“黑死病”。那么，为何黑死病会在欧洲肆虐，而没有在之前的中国大规模爆发呢？又什么有说法说，明朝是毁于瘟疫呢？
东方的瘟疫在13世纪以后日益频繁，这种现象的发生有着相当复杂的背景，最为直接的两个影响因素，应该是在12世纪以后中国南北地区人口密度相对增大，而且南北交流相对增加，这两个因素都容易造成疫病在民间的传播。而隐含在其后的，是国家疫病防治机制的衰退。
蒙元政权在入主中原之时，不仅破坏了中国原有的官僚体制以及地方的权威体制，而且由于国土面积很大而行政幅度却过小，导致信息在“省”级行政组织中过于集中。这两个因素使得中央政府很难对地方进行有效的治理。与此同时，在宋代及以前的社会之中，中央政府一般都会对民间流行病进行一定的控制，然而元代的相关机构——惠民药局以及药坊却呈现一定的衰退，民间组织也因为战争而遭到破坏无力自救，这无疑为疫病在民间的传播打下了基础。疫病大多时候与水涝、旱灾以及饥荒相关联，在元朝统治期间（1260—1368）整体疫灾频度为61.84%，百年之中有六十余年的时间处于疫病爆发期，受灾面积遍及全国（《元代疫史地理规律与环境机理研究》）。
▲成吉思汗
疫病的爆发与气候有关，当时长江南北所流行的恶行传染病还包含了鼠疫与天花，而鼠疫、天花这两种疾病，实际上都容易通过牲畜以及不卫生的环境传播给他人，在相对集中、卫生状况较差而且因为缺乏营养而抵抗力下降的灾民群体之中尤其如此。至正十八年的疫灾，官府于大都一地掩埋的流民尸体总数已经超过了二十万，而被感染的登记在籍的人口尚且不在其中。当疫病随着南北通路自北向南传播时，疫情反而因为南方潮湿温热的环境而进一步扩大，整个江南地区都承受着疫病所带来的灾难。(《元代疫病史初步研究》)
▲天花病毒
蒙古帝国的铁骑曾经侵略过欧洲地区，并且也将鼠疫带到了欧洲，但1348年以后欧洲地区爆发的黑死病，却并不能与鼠疫完全挂钩。当时，教皇的医生肖利亚克对于黑死病的表征有过记载，他认为这些流行病大致可以分为两类：第一类的特征是“长时间发热、吐血，有这些症状的病人不出三天就死掉了”，第二类便是广为人知的不太致命的淋巴腺鼠疫。其中第一类疾病的表征与天花十分相似。1892年出版的《英国医学杂志》曾经剖析过1348年黑死病病患的表征，其中也包括天花所带来的恶寒感以及疱疹。（《黑死病》，The Black Death）就此看来，黑死病确实是当时流行病的一种“总称”。
天花最早出现于古印度与古埃及，后流入中国地区，故而欧洲的部分学者所声称的“在欧洲肆虐的黑死病源自于中国”的说法其实很难证实，现今不少学者已经改口称“黑死病源自于中国或印度，至少是源自于东方国家”。然而，欧洲的殖民者却确实地向美洲传播了致命的天花病毒，而对于包括中国在内的世界各国的殖民活动造成了更多的伤亡。
1347年之时，疫情在中亚地区爆发，随后向欧洲扩展。在1348年以后，黑死病在欧洲迅速蔓延，整个欧洲都被笼罩在黑死病的阴影之下。然而，欧洲地区却缺乏一个强有力的中央政府，贵族在疫病防治上显然力量不足，故而对付疫病的主要力量实际上是教会——然而事实上，由于黑死病的传染性过强、致死率很高，当时的医疗条件下教会也手足无措，故而部分教会会将疫病的流行当作是上帝对于人类的惩罚，救济的主要措施便是死后的弥撒，而英国教会的教皇甚至亲自参与弥撒的设计(《中世纪英国教会对黑死病的反应及应对措施》)。
宗教仪式只能安抚幸存者的精神，教会在付出巨大的代价以后确实更加深刻地走进信徒的心中，但对于抑制黑死病的传播起到的作用并不太大，许多城市人口锐减至原来的10%。对于总体死亡率的估计从5%到60%不等。（The Black Death and the Spread of Europe）
▲电影《黑死病》海报
另一方面，天花似于东汉之时传入中国，在宋元之时对于天花的预防与治疗早已有了相对丰富的经验，最少在明代时已经有了相对成熟的种痘法，也出现了相对有效的治疗方法 (《元代疫病史初步研究》)，而这些都有赖于一个相对有力的中央政府对其进行推广。而宋元政府曾经尝试在地方上设置惠民药局、于大疫年份设置病坊收治病人，流民尸体的掩埋基本依赖官府作为。尽管元朝之时，许多设施因种种原因形同虚设，但至少在政策上国家依然对疫病的防治、病人的救助持有相对积极的态度。这些政策对于抑制天花等恶性传染病在中国的肆虐，都有着不小的作用。
明代之时，地方上除了继承惠民药局政策以外，还兴办医学教育机构。但由于财政问题，在明中后期以后惠民药局逐渐没落，由原本的常置机构变为疫灾发生时才设立的临时性公共卫生机构。至清朝之时，地方上甚至不再设立惠民药局。如两湖地区在明初所设立的惠民药局，直到清代之时多已废弛，仅在疫灾爆发之时才偶尔发挥作用(《明清两湖疫灾》)。中央政府的疫病防治机制在明代中后期以后逐渐衰弱，为疫灾的流行埋下隐患。
不仅如此，明清时期的交通状况较之前代有了不小的改善，疾病的流传也因此变得更加容易，这在疫病防治机制衰落的前提下造成了14世纪以后灾病的持续爆发，在18至19世纪之时几乎每一年都爆发疫灾。
总的来说，在明中期以前，中国历朝政府在抑制疫灾方面起着相对积极的作用，他们能够凭借着相对集中的力量在地方上推广疫灾防治机制，进而在很大程度上降低了恶性疫病传播的恶果。但在明中期以后地方上疫灾防治机制的衰落，却又减弱了朝廷以及民间对于疫灾的抵抗能力。与欧洲相似的，地方上疫灾防治机制的缺失，造成了15世纪以后疫病在中国的大规模爆发。
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